Tvarios akvakultūros poreikis paskatino probiotikų naudojimo vandens organizmams tyrimus. Iš pradžių buvo domimasi jų kaip augimo skatintojų ir gyvūnų sveikatos gerinimu; tačiau buvo rasta naujų sričių, tokių kaip jų poveikis reprodukcijai ar atsparumas stresui, nors tam reikia daugiau mokslinės plėtros.

Per pastaruosius dešimtmečius akvakultūros, kaip pramonės, augimas paspartėjo; dėl to buvo padaryta žala aplinkai ir sumažėjo įvairių kultūrų produktyvumas. Dėl didesnio atsparumo ligoms, vandens organizmų augimo ir pašarų efektyvumo poreikio akvakultūros praktikoje buvo naudojami probiotikai. Pirmą kartą probiotikai buvo panaudoti 1986 m., siekiant patikrinti jų gebėjimą padidinti hidrobiontų (vandenyje gyvenančių organizmų) augimą. Vėliau probiotikai buvo naudojami vandens kokybei gerinti ir bakterinių infekcijų kontrolei. Šiais laikais yra dokumentais pagrįstų įrodymų, kad probiotikai gali pagerinti maistinių medžiagų virškinimą, padidinti atsparumą stresui ir skatinti reprodukciją.